等到四大忍宗家族一统中原之后，其他大大小小零零散散的忍者家族，要么退避三舍，转战蛮荒边地。
要么俯首称臣，为之附庸，鳞集於侧，羽翼阴附。
因利益之夺，名位之争，四大家族之间免不了起了争执，有了龃龉，生了隔阂，最终演化为不死不休的矛盾与杀戮。
话说，海老藏的祖祖辈辈们，好不容易等到这四大家族互相残杀上千年，实力渐消，相互之间更是积满了累累血债，埋下了深仇大恨。
结果，宇智波一族出了宇智波斑和宇智波泉两兄弟，千手一族也不遑多让，出了千手柱间和千手扉间两兄弟。
其中的宇智波斑和千手柱间更是横压一世的绝顶人物。
再后来，便是宇智波一族与千手一族联手创建了木叶忍村。
大伙儿徒呼无奈，好在经过上千年的开荒与发展，大家也已经习惯了边荒这边的生活，虽然还是比不了中原腹地的花花世界舒服，但作为食利阶级的一员，土皇帝的生活也查不到哪去。
这几个家族干脆学那千手一族和宇智波一族，聚集一起创建了忍村，这就是五大忍村的由来。
另外一派，则是古法修行中的僧侣、阴阳师及巫女之流，这些人将古法修行与查克拉修行结合起来，开创了忍僧等流派。
五大国的五大忍寺，便是其中之佼佼者。
不过，这些人说好听的叫保持中立，说难听的叫首鼠两端，在忍村和大名之间徘徊不定。
还有最为隐蔽神秘的天皇大名一系，那就是五大国大名！
昔日京都群魔乱舞，百鬼夜行，天皇自焚，正统王室一脉绝裔。
当时的王室旁系中实力最为强劲的五大贵族见状，将天王世代相传，据说是由神武天王自高天原中得来的传承至宝一分为五，然后大伙各自回到自己的封国，自立为王，这就是当世五大国的先祖。
此后，便是祖之国和彼之国两国长期分裂对立。
五大贵族，除了水之大名封地位于海外群岛，孤悬于世外，隔岸观火，坐收渔翁之利，其他四大名两两联手，纷争不休，更喊出了兵强马壮者当为天皇的口号。
但双方实力相近，谁也奈何不来谁。
再加上多年的战乱消磨了双方的意志，后代族人渐渐耽于享乐，也不愿意拼命厮杀了。
不过，多年以来的分裂，终究还是疏远了王室之间的关系。
直到天降玄女大筒木辉夜，一举灭了祖之国