但在勒尔谨、王廷赞等人的竭力掩饰下，一向精明干练的袁守侗竟然没有发现任何破绽，回京后还向乾隆皇帝奏称说：“俱系实储在仓，委无亏缺，并核对节年动用数目，亦相符合。”
乾隆皇帝这才彻底释疑，从此不再追查甘肃捐监一案。
转眼到了乾隆四十六年（1781）三月，甘肃爆发了苏四十三领导的回民起义。
这场起义源于甘肃旷日持久的新教和旧教之争。
甘肃、宁夏、青海地区素来是回回人（回族）聚居区。
最初，有甘肃安定（今甘肃定西）回回人马明心（一作马明新，经名易卜拉欣，又名穆罕默德召裴，道号维戛耶顿拉赫）在回教中创立新教，后到循化（今青海循化）撒拉族中传教，影响很大。
清廷历来支持旧教，因此将马明心驱逐回籍。
但事隔不久后，马明心又潜回撒拉族传教，导致新教、旧教矛盾急剧激化，后来更是上升到武力械斗。
马明新的得意弟子苏四十三和韩二个率领一千余新教众攻入老教区，杀死了哈尔户长韩三十八，公然与旧教争夺地盘和信徒。
旧教教首见新教势大，便派韩三十八的儿子赶去兰州向陕甘总督勒尔谨求救。
因为新教、旧教争斗已久，勒尔谨也没有太当回事，事先没有查明强弱众寡情形，即派新任兰州知府杨士玑（原兰州知府蒋全迪已经调到浙江任宁绍台道）会同河州副将新柱、臬司（按察使）福菘带着四十余名兵丁前往撒拉族地区查办。
三月十八日，河州副将新柱先行前往旧教教区打探情况。
新教苏四十三等人听说后，假扮成旧教，抢先出迎，想借机打听官府的动态。
新柱以为对方是旧教教徒，便表态说：“新教若不遵法，我当为汝老教做主，尽洗之。”
（《循化志卷八回变》）意思是官府要为旧教做主，如新教不守法令、不遵约束，就将斩尽杀绝。
苏四十三等人听了大为愤慨，决议武装暴动，当晚杀死了新柱。
次日凌晨，苏四十三又率众攻占旗台堡，杀死兰州知府杨士玑等人，正式发动了反清起义。
三月二十一日，苏四十三率两千余人攻占了河州城（今甘肃临夏东北），杀死知州周植和都司李琦等官吏，夺取了大批马匹枪械。
陕甘总督勒尔谨得知后大为恐慌，一面派西宁镇副将贡楚克连尔率五百清兵扼守狄道（今甘肃临洮），截住苏四十三义军归路，一面急调固原、凉州、甘州、西宁、肃州五提镇兵两千人赴河州剿捕。
就在这个关键时刻，甘肃布政使王廷赞对回民起义事件也格外关注，虽然这并不是他的职权范围。
他接任布政使近四年了，毫无保留地继承了前任王亶望的贪污“事业”
，但却也从来没有睡过一天好觉。
眼看着原布政使王亶望升成了浙江巡抚，原兰州知府蒋全迪调到浙江任宁绍台道，原皋兰知县程栋捐官升为刑部员外郎，都是尽可能地远离甘肃这个是非之地，愈发想要效仿这些“聪明人”
，早日调离甘肃。
如果这次平苏四十三回乱有功，高升自然指日可待，也就可以早日离开甘肃了。
兰州府通判谢桓见王廷赞在回民起义一事上格外花工夫，便出了馊主意：不如将当时正在安定老家的马明心抓捕到兰州，作为人质，这样苏四十三就不敢轻举妄动。
王廷赞听了深以为然，立即札饬安定县知县黄道燛将马明心及其儿子、女婿三人逮捕，并连夜押解到兰州，关进大狱。
不料，事态反而因此愈发激化。
苏四十三和马明心的义女赛利麦（撒拉族人）等人听说马明心被官府逮捕后，立即率义军日夜兼程进逼兰州，并占领了城西南的华林山。
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