，利用闽浙总督玉德贪功的弱点，向玉德诈降，请求玉德不要让浙江水师把自己赶尽杀绝。玉德居然相信了他的话，让浙江水师回港。
然而，当玉德派人前去招降蔡牵时，蔡牵早已逃之夭夭。玉德被耍后，后悔莫及。
蔡牵死里逃生，不敢再心存侥幸，立即耗费巨资打造更先进、更高大、火力更猛的战舰，他打造的巨艇甚至比清廷最大的舰艇还大。总之，这一阶段，蔡牵以加强自己的海上力量为主要任务。
遭受巨大挫折后，蔡牵也意识到盟友的重要性，这次失败也促成了蔡牵和朱㸣的结盟。蔡、朱联合后的第二年六月，首次袭击了清军。其时，温州总兵胡振声率领二十四艘运输船，装载木料送往福建造船。蔡牵和朱㸣袭击胡振声后，玉德让胡振声全力迎敌，打贼众一个落花流水。可惜，福建水师却不支援，不知是不是被蔡牵收买了。
胡振声孤军作战，在蔡牵刚猛的火力之下，船只全部被击沉，八十一名清军包括胡振声本人全部光荣牺牲。
胜利之后，蔡牵和朱㸣又领着水军进攻浙江水师。李长庚带领水师主动迎敌，对面是蔡、朱庞大的舰队，一百一十艘舰艇一字排开，整装待发。面对黑洞洞的炮口，李长庚并没有畏惧，亲自指挥作战。李长庚的战术是将敌舰一分为二，自己带队亲自攻击蔡牵的部队，部将则围攻朱㸣的舰队。
最后，李长庚终于击败了蔡牵和朱㸣。这两人败退后，产生了矛盾，蔡牵责怪朱㸣指挥不力，朱㸣很不服气，带着自己的队伍离开，蔡、朱首次同盟宣告破裂。
李长庚不愧是清廷水师一个出色的将领，嘉庆九年（1804年）冬，李长庚又在甲子洋击败了朱㸣；嘉庆十年（1805年）夏，在青龙港大败蔡牵。
经过这些打击，蔡牵并没有一蹶不振。嘉庆十年（1805年）十一月，他倾巢出动，在台湾登陆，发动了起事以来规模最大的一次战争。也就是在这次进攻中，蔡牵打出了“镇海王”的旗号，换句话说，他不再满足于做一个打家劫舍的盗贼，想当王了。在台湾登陆后，蔡牵立即联络天地会等一些反清的会党，由此形成里应外合的局面，清军防不胜防。
攻克洲仔尾后，蔡牵全歼陈廷梅的部队。随后又攻入凤山，击毙清军千总苏明荣。此时，蔡牵可以说与清廷彻底决裂了，不是你死就是我亡，绝对没有第三种选择。敢造反的人首先要具备的条件是不怕死，其次要有相当的领导能力，还要有非凡的胆识和谋略，否则的话，造反就是活腻了。