全部被捕杀干净。
我们再来看看那个林清，他坐在黄村貌似一个运筹帷幄的总司令，正痴心妄想李文成带兵支援自己。就在林清想入非非的时候，清军已经冲了进来，将他捆绑得严严实实。
这次起义虽然被轻松扑灭，但给嘉庆的精神刺激相当大。嘉庆想，这些人太欺负人了，我又不是一个坏皇帝，竟然冲进紫禁城里造反。收到这个消息时，嘉庆正在白涧前往京城的路上，当时他就惊呆了，他不知道自己究竟做错了什么事，竟会招致这种千古难遇的奇耻，作为一个皇帝，他觉得自己太失败了。一种受伤的情绪在心里蔓延，但他仍不忘夸奖皇次子绵宁等有功之人。
嘉庆对失职官员非常气愤，尚未回到京城，就对失职官员进行惩罚。步军统领吉纶和左翼总兵玉麟被革职，嘉庆命内大臣托津提前回京，对失职官员进行查办，还叮嘱他一个都不要放过。
追究失职官员是情理之中，这件事最值得注意的是，嘉庆并没有一味地诿过他人。他意识到自己的治理出了问题，怀着沉痛的心情，下了一道罪己诏：
我嘉庆德行本来就不深，谬受皇考托付，十八年来兢兢业业，不敢有丝毫懈怠。刚继位的时候，白莲教在四省肆虐，用了近九年的时间，才平定这场动乱。本以为从此以后可以和百姓普天同乐，没想到天理教徒偏偏要破坏这和谐盛世，居然攻入大内。幸亏皇次子绵宁临危不乱，平定了这场叛乱。大清开国已经一百七十多年了，列祖列宗，仁德深厚。我嘉庆虽然没有列祖列宗那样深厚的德行，但也自信没有做什么害民的事。遇到这样的事情，我简直无法理解，只能自责。灾祸虽然起于一时，但“由”来已久。我虽然再三告诫群臣要忠心为国、勤政爱民，可惜他们都当成了耳边风，终于酿成了这种从汉唐宋明以来从来没有的事情，丢人的不只是我，也是整个帝国的官僚集团啊！说到这里，我已经说不下去，只能以后躬身自省，知错即改，上报天恩，下慰黎民。
在罪己诏中，嘉庆含蓄地批评了皇考和列祖列宗，认为这种事情虽然发生在自己的任上，但其实是长期以来的一个矛盾积累。嘉庆当然不敢直接批评列祖列宗和乾隆，只能采取这种婉转的说法。当然，嘉庆更多地认为是自己的过失，而嘉庆的过失主要体现在“吏治”的失败上。
吏治问题是乾隆中后期遗留下来的，嘉庆能不能治好我们不敢说，但显然他并没有达到整肃吏治的目的。
罪己归罪己，林清却难逃一劫，被凌迟处死。豫王裕丰是这个案子中处罚最重