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已经得到了陇右，还想得到蜀地，这是人心无足。”
所以没有听从司马懿的计策。
建安二十二年（217年），司马懿跟从曹操南征孙权，大破孙权。
大军回军之后，孙权遣使乞降，向曹操上表称臣，陈说天命，劝说曹操称帝。
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曹操说：“孙权小儿这是想要把我放在炉炭上啊！”
司马懿对答说：“汉朝的国运将要终结，您十分天下而有其九，还臣服听命于汉。
如今孙权称臣，是顺应天人之意。”
建安二十四年（219年），司马懿升任太子中庶子，佐助魏太子曹丕。
当时司马懿每次参与谋划，都有奇策，所以为曹丕所信任和重用，
与陈群、吴质、朱铄[shuò]并称“四友”。
司马懿转任军司马，建议屯田解决粮食问题，得到曹操的采纳。
他指出荆州刺史胡修粗暴，南乡太守傅方骄奢，都不应驻守边防，曹操未予重视。
同年八月，汉水流域因为天降暴雨而发生了“汉水溢流，害民人”的自然灾害。
关羽趁机乘船进攻，擒于禁、斩庞德。胡、傅二人果然乘机降蜀。
因汉献帝在许昌，距樊城很近，曹操感到威胁，
为避关羽锋芒，一度准备迁都黄河以北。
司马懿和曹椽蒋济及时劝阻说：“于禁被大水所淹，不是战守上的失误，
对于国家的大局并没有大损失，为此而迁都，即是向敌人示弱，
又会使淮河、汉水一带人心不稳；刘备、孙权外亲内疏，如今关羽坐大，
孙权必定不安，把这件事告知孙权，使他牵制关羽，则樊城之围自解。”
曹操从其计，孙权果然派吕蒙袭取公安，关羽被其俘杀。
之后曹操认为荆州遗民及在颍川屯田的军民逼近南方的敌对势力，想把他们迁走。
司马懿认为：“荆楚之民大多轻脱，轻易移动怕是难以安定。
如今关羽刚刚被击破，藏窜逃亡者也在观望时局。如今将那里的人迁徙，
既伤当地人的心意，也令想要回来的人不敢复还。”
曹操听了他的建议，没有移民。之前藏窜逃亡者果然都复出归化。
建安二十五年正月庚子日（220年3月15日），曹操去世，朝野危惧，