自杀；
大司徒戴涉因所举荐的太仓令犯罪而死于狱中；
大司空宋弘因在没有证据的情况下弹劾上党太守而被罢官；
大司空朱浮因“卖弄国恩”而被罢官，等等。
这种过于严苛的做法也受到了一些批评。
建武六年（30年），刘秀令司隶州牧各实所部，
省减吏员，县国不足置长吏可合并者，上大司徒、大司空二府。
于是刘秀下诏：“并省四百余县，吏职减损，十置其一。”
刘秀善待功臣，分封三百六十多位功臣为列侯，
给予他们尊崇的地位，只解其兵权。
并且招揽大批文吏入朝。刘秀于建武六年（30年）让功臣列侯回到自己的封地。
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当时刘秀对三公要求严格，如果功臣们在朝担任官职的话难免犯错，
这样会失去爵位和土地，刘秀为了保全他们的爵位的土地才让他们回到封地，远离朝廷。
建武元年（25年）十月，刘秀称帝，采纳来歙联陇制蜀、西和东攻的建议，
确定了先关东、后陇蜀，由近及远、各个击破，统一全国的战略方针。
建武二年（26年）至建武五年（29年），刘秀一方面命来歙出使陇西，
完成联陇制蜀的战略，解除了西顾之扰；
一方面集中主力以洛阳、河内（郡治怀来，今河南武陟西南）为中心，
对关东各割据势力展开攻势。建武二年（26年）春，破睢阳，
刘永战败退往谯县（今安徽亳县）。建武三年（27年）六月，刘永被杀。
并且消灭赤眉军于宜阳，夺取长安，取得东西二京。
建武四年（28年）五月，大将军朱佑、建威大将军耿弇北讨彭宠，
建武五年（29年）二月，彭宠被奴仆杀死，刘秀攻占燕蓟及其以北地区。
建武六年（30年）二月，杀董宪于朐县，夺占东海之地。
关东各割据势力相继被刘秀击破。建武十二年（36年）灭蜀。
刘秀废除西汉时的地方兵制，撤销内地各郡的地方兵，裁撤郡都尉之职，
也取消了郡内每年征兵训练时的都试，地方防务改由招募而来的职业军队担任。
但是，到了东汉后期，州牧刺史逐渐权重，兼有军政财大